斗罗大陆中的魂灵系统是游戏玩法的重要组成部分，魂灵作为魂兽灵魂的特殊存在形式，能够与魂师签订契约并协助战斗。魂灵根据年限分为白色、黄色、紫色、黑色、红色和橙色六个等级，年限越高实力越强。特殊魂灵包括残次魂灵、不屈魂灵、传承魂灵、伴生魂灵、本命魂灵和神灵，每种魂灵都有独特的获取方式和战斗特性。魂灵不仅能为魂师提供属性加成，还能在战斗中释放专属技能，部分高等级魂灵甚至能完全化为人形参与战斗。
魂灵系统在56级解锁后，玩家可通过多种方式获取不同品质的魂灵。目前游戏中有天龙马、冰天雪女、金发狮獒等八种基础魂灵，每种魂灵都具备特定的属性加成和战斗技能。魂灵可通过升星提升属性，上阵后能为全队带来增益效果。在搭配魂灵时需要考虑团队需求，防御型魂灵适合保护核心输出，而攻击型魂灵则能增强队伍爆发能力。部分SS+级别魂灵如暗魔邪神虎具备强大的领域技能，能显著改变战场局势。
魂灵图鉴系统需要收集20个黑色及以上品质魂灵才能激活，每个角色拥有9个魂灵孔位。图鉴中的魂灵可自由装卸，已吸收的魂灵种类无法重复放入。图鉴值积累，角色能获得额外的属性加成。在培养魂灵时需注意资源分配，优先提升核心魂灵的星级和技能等级。魂灵与魂环系统存在联动机制，高品质魂灵能激活特殊魂环效果。
最新推出的SS+魂灵如望穿秋水露和辉月神鹿拥有独特的战斗机制，前者能提供团队增益和控制效果，后者则擅长范围输出。这些高阶魂灵需要通过特定活动获取，在阵容搭配上需要考虑与现有魂师的技能互补性。魂灵系统游戏进程不断丰富，后续可能会加入更多源自原著的经典魂兽角色，为玩家提供更丰富的策略选择空间。
