大掌门2作为一款武侠题材的卡牌策略手游，其门派系统是游戏核心玩法之一。游戏内门派主要分为正派、中立和魔教三大阵营，包括少林、武当、华山、峨眉、明教、五毒、唐门等经典武侠门派。每个门派拥有独特的武学招式和弟子培养方向，例如少林以拳法和内功见长，武当侧重剑法与道家心法，唐门则以暗器和毒术著称。玩家在江湖游历过程中可通过门派接引或特定任务加入心仪门派。
门派加入方式较为直观，玩家进入游戏主界面后点击左侧门派选项，通过搜索功能输入目标门派名称即可查询详细信息。部分特殊门派需完成前置任务或达到特定条件，如明教要求玩家通过魔教试炼，五毒教需收集特定毒物材料。加入门派后，玩家可参与门派专属活动如少林寺的罗汉堂挑战、武当派的太极剑阵演练等，这些活动能获取门派贡献用于兑换武学秘籍和稀有资源。
玩家通过完成门派日常任务、捐献资源和参与门派战积累贡献值，提升门派职位从普通弟子晋升至亲传弟子甚至长老。职位升级可解锁更高级别的武学传承，例如华山派高阶弟子可习得独孤九剑，唐门精英能掌握暴雨梨花针等绝技。门派仓库系统允许成员共享材料与美酒，酿酒玩法产出的竹叶青可恢复体力，女儿红则补充元气，这些资源对掌门等级提升至关重要。
江湖游历中门派选择需结合玩家发展策略。追求均衡发展的玩家适合选择武当、华山等正派，其武学体系完整且易与其他系统形成联动；偏好特殊战术的可加入五毒或唐门，利用毒伤和暗器特性在PVP中取得优势。需注意部分门派存在互斥设定，如加入明教后将无法同时拜入少林，叛出门派会导致原有武学效果削弱20%，因此前期规划尤为重要。
联盟战、门派争霸等跨服玩法需成员协同作战，采用田忌赛马式策略布局可最大化战力收益。玩家还可通过门派探索功能随机触发奇遇事件，每日30次探索机会能获取装备碎片、弟子魂魄等奖励，一键探索功能在完成40次手动探索后开放，大幅提升资源收集效率。
掌门等级达到53级后开启七武器系统，可在藏剑山庄搜寻门派镇派神兵；60级解锁的思过崖闭关能提升弟子突破成功率，但需消耗大量元宝。每月青龙、青衣等限时活动是获取金色弟子的关键途径，合理分配门派资源参与这些活动能加速阵容成型。
