少年三国志零与少年三国志1在核心玩法上存在显著差异。前者采用4×4布阵系统，强调兵种克制与实时策略，玩家需根据敌方阵容灵活调整站位，而后者以传统卡牌回合制为主，更注重武将养成与技能组合。零代的战斗引入军师技能机制，允许玩家手动释放计谋扭转战局，而1代依赖自动战斗与数值压制。兵种方面，零代细分为盾兵、轻骑、弓手等六类，每类具有明确的战场定位，1代则简化为主将属性差异。
武将系统在两者中呈现不同设计逻辑。少年三国志零的武将需搭配特定部队协同作战，例如周仓需前排承伤触发被动技能，而1代武将独立作战，强度依赖星级与装备。零代新增召唤流、毒爆流等流派玩法，通过主将技能与兵种联动实现战术组合，1代以阵营光环为主，强调魏蜀吴群阵营加成。零代武将技能更侧重战场即时效果，如貂蝉的群体魅惑或吕布的单体爆发，1代技能多为固定数值伤害或增益。
少年三国志零的副本设计侧重策略性，如华容道之战限制远程武将上阵，奇珍异兽副本需针对BOSS机制调整阵容；1代副本以战力门槛为主，通关效率取决于数值强度。零代的红将获取依赖元宝保底机制，平民玩家需长期积累，1代的高阶武将通过碎片合成逐步解锁。装备系统上，零代强调兵种适配性，例如重骑专属破甲武器，1代装备通用性较强，仅区分职业类型。
跨服夺城采用赛季制，联盟需协作占领城池并争夺排名奖励，而1代以公会BOSS和竞技场为主。零代的九州大地图支持多视角探索，玩家可切换宏观战略与微观战术视角，1代则采用章节式推图。军师系统为零代独有，水镜先生、诸葛亮等军师拥有五行融合技能，可改变战场环境，这是1代纯武将体系所不具备的战术维度。
少年三国志零在策略深度与实时交互上迭代显著，而少年三国志1保留传统卡牌的养成爽感。两者差异源于对三国题材的不同诠释，前者偏向战争模拟，后者侧重英雄收集。
