舰队分组的关键在于理解指挥值分配和舰船定位。每支舰队最多拥有300指挥值，升级到九级基地后可提升到400指挥值。舰船在舰队中的位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排战舰。需舰船位置取决于蓝图中的定位，无法手动调整。创建舰队时可以自定义名称，合理的命名不仅能快速识别，还能在PVP中迷惑对手。分组完成后可以查看舰队的火力、舰船构成、移动速度等详细属性。
前排舰船的选择直接影响整体生存能力。能扛能打的巡洋舰如奇美拉或艾奥级是理想的前排，数量建议不少于6艘以保证互相掩护。中排和后排优先选择高攻击的巡洋舰或驱逐舰，比如卡利斯托这类对巡洋舰杀手。如果遇到敌方舰载机较多的情况，可以补充光锥级防空舰。移动速度是另一个重要考量，舰队速度由最慢的舰船决定，高速护卫舰适合包抄战术，而龟速战巡更适合正面推进。
输出型舰队需要完全不同的配置思路。由于游戏机制规定多舰队攻击时只有先接触的舰队会受到伤害，这类舰队可以放弃防御专注输出。前排选择艾奥级高速离子炮巡洋舰，中后排搭配红宝石和刺水母等高攻舰船，剩余指挥值用载机型舰船填满。增援方面优先选择大帝或风暴战巡来提升火力。这类舰队要避免与敌方主力直接交战，必要时可增援ST59增强生存能力。
工程舰和特殊功能舰船需要单独编组。工程舰采集时要搭配仓储舰提升效率，建议携带1-2艘即可。攻城型舰船如诺玛M470和云海级适合组成高速拆家队，专门针对敌方前哨站和采矿平台。维修船在游戏后期作用有限，除非攻击低级NPC舰队，否则建议换成输出舰船。防空类舰船根据敌方配置灵活调整，通常编入输出舰队为主力提供防空支援。
分组完成后要善用编组方案功能节省时间。将所有舰船召回基地后，可以通过快捷编组预设常用配置，添加并命名方案后就能一键调用。这个功能特别适合需要频繁调整舰队配置的情况，能大幅提升操作效率。记住定期更新编组方案，新获得的舰船和蓝图研究进度及时优化配置。
