战机科研中心作为获取临时舰船蓝图的核心设施，其对接合作机制是玩家提升战力的重要途径。科研中心需通过基地对接方式激活效果，即建造前哨站后使用基地迁移指令将主基地迁至对接点。完成对接后，玩家可解锁对应战机的临时生产权限，例如战机科技研究中心对接后可获得理智A101战斗攻击机蓝图，航空母舰科技研究中心则提供CV3000级快速航空母舰蓝图。需注意此类蓝图具有时效性，基地迁移后图纸将自动失效。
与战机科研中心功能类似的还有旧帝国驱逐舰科技研究中心、护航艇科技研究中心等机构，它们分别对应不同类型的舰船蓝图。例如前者对接后解锁炽热级重型火炮突击舰，后者提供野火鱼雷舰图纸。这些机构均需通过基地对接触发效果，且共享相同的规则限制。除直接生产舰船外，部分研究中心还能提供辅助功能，如大型战机平台对接后可增加防卫机库容量，超主力舰装配中心则能缩短战列巡洋舰的生产时间，形成完整的战力补充链条。
游戏中的对接操作需依赖工程舰完成，建造效率与工程舰数量及等级直接相关。派遣3艘高级工程舰可实现最短建造时间，而资源合成站、战术研究所等设施虽不与科研中心直接关联，但能为玩家提供资源补给或策略值增益，间接支持科研中心的持续运作。科研中心的对接效果通常需消耗策略值进行舰队调度，因此在操作前需合理规划资源与行动优先级。
从战略层面看，科研中心对接是中期发展的关键节点，尤其适合舰船储备不足的玩家快速扩充舰队。其设计逻辑强调临时性与区域绑定，要求玩家在基地选址时兼顾资源采集与科研需求。尽管蓝图存在迁移失效的设定，但通过合理规划基地布局与科研顺序，仍能最大化利用临时舰船的生产窗口期，为后续星际探索或联盟战争奠定技术基础。
