舰队编组的核心在于理解舰船定位与指挥值分配。每支舰队最多可容纳300指挥值的舰船（九级基地解锁建筑后可提升至400），舰船位置分为前排、中排、后排，系统会根据蓝图预设的舰船定位自动分配站位。敌方攻击顺序默认从前排开始，因此高防御舰船应优先置于前排吸收伤害，中后排则配置输出或辅助型舰船。编队时需战巡、航母等高指挥值舰船可通过增援功能突破限制，但增援后舰队将失去曲速航行能力，需谨慎选择时机。
工程舰编组时建议搭配AC721重型运载驱逐舰或富贵300多功能舰，利用其大容量仓储减少往返时间。采矿平台可提升10%-30%采集效率，但仅限同盟成员使用，需合理规划矿区共享。前期推荐将小型综合工厂、金属炼化工厂升至8级以保障基础产量，同时通过计划圈调度高速侦查舰先行探路，再增援主力舰队缩短航行时间。野怪刷新区可利用封锁功能持续获取经验，但需避免误伤其他玩家工程船引发矛盾。
舰船类型搭配需兼顾火力覆盖与功能互补。大型舰如战列巡洋舰侧重对舰火力，中型驱逐舰擅长对抗护卫舰，小型护航艇则针对中型舰输出。平民玩家可优先培养澄海级护卫舰、阋神星重炮驱逐舰等易获取且后期仍实用的舰船，雷利亚特级对护卫舰特攻效果显著。载机型舰船如谷神星级可搭载护航艇提升空战能力，但需注意载机维修会降低输出效率，需根据战场需求调整模块加点。
高速队通常以前排斗牛突击型、中排离子红宝石、后排刺水母基础型为核心，追求高机动夹击；攻城战则需配置雷利亚特等快速清理敌方护卫舰。PVP中可通过误导性舰队命名迷惑对手，例如将主力舰队标记为炮灰舰队。辐射区作战需配置艾奥级等抗辐射舰船，同时避免单独行动。舰队撤退时应立即使用工程局加速回城，防止敌方追踪航线定位基地位置。
后期发展需注重资源调配与同盟协作。八本后高级采矿平台可大幅提升采集效率，允许两艘矿船同时作业。同盟战中，前哨站对接金属带可保障基建需求，但会永久占用采矿权，需权衡长期收益。赛季末占领城市能提升未央积分奖励，但需协调多成员集结，避免单独对抗NPC守军。维修舰船必须返回基地船坞，预制模块无法在野外实现战后修复，需预留足够资源应对战损。
